Il popolo agirino, in sintonia con l'autore di una vita di San Filippo, l'Arcivescovo di Alessandria, Atanasio, ama collocare il taumaturgo siriaco Filippo, rappresentante della chiesa di Gesù Cristo, nel I secolo, quando si ritiene sia giunto ad Agira. Esiste, però, un'altra agiografia del santo, ad opera del monaco Eusebio, che colloca la vita di Filippo nel V secolo, al tempo dell'imperatore Arcadio, anche se presenta, per il resto, elementi comuni a quella di Atanasio.
Filippo nasce in Tracia da anziani genitori, che avevano perso tutti i figli a causa di una disgrazia, annunciato in sogno alla madre da Dio. Ordinato diacono a 21 anni, parte alla volta di Roma, ove, appena giunto, viene convocato dal Pontefice. Il Papa lo ordina sacerdote e lo invia in Sicilia con la missione di evangelizzare Agira. Raggiunta la città, insieme al suo compagno Eusebio, si sistema in un antro ove per tre giorni compie miracolose guarigioni. Sale, quindi, sulla sommità del monte ed impartisce una benedizione che fa precipitare tutti i diavoli che lì si erano rifugiati. Si prodiga poi per le persone bisognose, poveri, malati, emarginati. Presto si diffonde la sua fama di taumaturgo ed operatore di miracoli. La guarigione di una fanciulla indeminiata dà a Filippo nuovo prestigio e riconoscimenti e gli consente di indurre gli agirini a porre fine ai riti demoniaci. Innumerevoli sono i miracoli che compie il Santo: la resurrezione del fanciullo Giovanni; le guarigioni di Atanasio, di una donna partoriente, di una donna emorroissa, di Leonzio; la riparazione dei torti subiti dai dodici uomini di Agrigento e da uno dei tre uomini della Lidia; la nascita ed il miracolo di Filippo di Palermo.
San Filippo muore a 63 anni dopo aver indicato a Belisario la forma della chiesa che a lui dovrà essere dedicata ed aver composto la commemorazione funebre da recitarsi in suo ricordo.
Il culto del santo, detto anche "San Fulippuzzu u niuru", "San Fulippuzzu Trippuzzedda" o "San Fulippu u ranni", sostituì da allora quello di Ercole: la sua figura fu incisa nello stemma cittadino al posto di quella del mitico eroe; il rito precristiano di offrire i ciuffi di capelli dei fanciulli ad Ercole, fu continuato in onore del santo.
Nel XVI secolo, lo storico Tommaso Fazello visitò Agira e scrisse che in un solo giorno aveva assistito a centinaia di miracoli di San Filippo. In nome del santo, scrive Fazello, venivano cacciati i demoni dal corpo degli ammalati. Nel 1576, quando una terribile epidemia di peste colpì l'intera Sicilia, ad Agira si verificarono solo casi isolati e non mortali ed il merito fu dato al santo protettore. Il Santo fu seppellito nella grotta su cui a quel tempo sorgevano i resti di un tempio pagano, presso il quale Filippo si recava a celebrare i sacramenti. Nel 1599 furono trovati i resti di San Filippo nella cateva sotto la chiesa dell'Abbazia, esattamente nel luogo indicato dalla tradizione. Nel IV secolo, infatti, la chiesa era stata Monastero di San Filippo, sorto proprio sulla grotta indicata dal santo. Questi resti furono, in seguito, custoditi in una cassa d'argento detta appunto delle SS. Reliquie, costata 1500 scudi di Spagna. Nel 1643 alcuni forestieri tentarono di rubare le reliquie di San Filippo, ma, allorché il sagrestano, svegliato dai rumori, suonò a ripetizione le campane della chiesa, giunsero cinquemila cittadini armati. L'11 Gennaio del 1693, giorno in cui la Sicilia intera tremò a causa del peggiore dei terremoti, Agira subì soltanto il crollo del mastio del Castello; non vi furono vittime né danni gravi. In questa data, oltre a maggio ed agosto, viene ancora festeggiato San Filippo.